在防卫队长官·四之宫功的判断下，日比野卡夫卡逃过了被做成武器的命运，但依然处于被关押状态。在第三部队的新人们接到调动命令，纷纷赶赴各自要去往的新部队时，率领第一部队的最强者·鸣海弦出现在了卡夫卡面前。 鸣海表示不需要作为队员的卡夫卡，为了让他认可自己，卡夫卡必须直面“怪兽8号”那过于强大的力量。但与此同时，“怪兽9号”的威胁也在暗中逼近…
被杀了。果然又被杀了。 追月朔也是一位半吊子的高中生侦探，有一个被称为“传说中的名侦探”的父亲。 今天本应也该接受委托，然后兴致勃勃地去做一些找猫、或是调查外遇之类的平凡的工作，不知为何他却被杀人事件卷入。 而且“被害者”居然是自己！？ 多亏特殊体质每次都能重生的朔也，用膝枕迎接他的则是优秀的助手莉莉提亚。 「您又被杀了呢，侦探大人。」 「......似乎是呢。」 作为侦探，以及作为受害者，朔也如字面意思，搏命解决了无数的疑难案件。
濑尾卓也是个不起眼的平凡高一生，但他有个不可告人的小秘密：他是一部适合小女孩观赏的动画「闪亮萌宠」的狂热粉丝。有一天他带着参加抽奖幸运抽中的闪萌橡皮擦到学校，坐在他前面的辣妹．伊地知琴子突然说要借橡皮擦，便顺手抽走他手中的闪萌橡皮擦。想不到另一个走酷帅路线的辣妹．天音庆居然一眼就看出那是闪萌周边，令濑尾忍不住大吃一惊……
在与暗之科学王国的战斗之后，千空一行人以让史丹利等人占领珀耳修斯号为代价，成功捕获了杰诺。为了躲避猛烈追击，千空一行人以石化光线发源地南美为目标启程！ 千空与杰诺决定短暂联手，结合彼此的知识，共同逼近那令人憎恶的「光」的真相！ 为了拯救人类的未来，千空将与伙伴们携手，全力开拓属于他们的「科学之道」！！
