全修。

　　因为在风祭流传着未确认生物的情报，以及超自然的现象之类的似真非真的传闻。瑚太朗向超自然研究会的部长，千里朱音的求助，于是展开了涉及到瑚太朗认识的学生们的调查。对于瑚太朗来说，原本只是抱着一点冒险心态而已。只要能和热闹的伙伴们一起度过的话，这样就足够了。但瑚太朗还没有注意到，他将要探求那无人知晓的“真实”。

　　故事发生在名为“风祭”的都市之中，天王寺瑚太朗（森田成一 配音）是一名平凡的高中生，过着风平浪静的生活。一年一度的收获祭即将到来，这个热闹欢快的祭典让整个城市都陷入了欢乐而躁动的海洋之中。
　　瑚太郎接受了一份寻找新闻线索的工作，于是开始了在城市各处的奔走，在此过程中，只存在于都市传说之中的怪奇事件和神秘生物渐渐浮出了水面，与此同时，瑚太郎的身边亦发生了许多令他百思不得其解的怪事。为此，瑚太郎找到了超自然研究会的会长千里朱音（喜多村英梨 配音），希望后者能够解答他的疑惑，哪知道在两人调查的过程中，瑚太郎的一干好友纷纷被卷入了风暴之中。

　　故事发生在一个架空的世界之中，这里被分为五个部分，人类所居住的地球、诸神的红色世界、理性与科学统治的白色世界、充满了魔法的黑色世界以及崇尚武力和战争的绿色世界。长久以来，五个世界相互制约抗衡，形成了微妙的平衡，然而一场意外的发生让这五个世界都将面临着同一个结局——毁灭。
　　为了避免这恐怖的未来图景成为现实，拥有“Excceed能力”的少女们挺身而出，她们被送往名为青兰学院的学校之中，在这里接受训练和保护。率真耿直的彩城天音（田村由加莉 配音）、沉默寡言的苍月纱夜（寿美菜子 配音）、优雅高贵的阿尔玛利亚（原由实 配音），在校园里，这些命运相似的少女们相遇了。

　　暗恋着老师的十五岁别扭少年岩石友纪顿时大受打击。一路哭着跑回家的友纪一刚进家门，便有一位可爱的小女孩直扑上来将其压倒在身下。还未等他反应过来，小女孩便欢呼着喊其为“老公”，随后三名黑眼镜部队的大叔便将其按倒在地向其出示了由日本总理签署的结婚证书，这下子友纪彻底傻眼了。据黑眼镜部队的大叔们介绍，这名叫rizel的小女孩是最新DNA科技的结晶，是国家的最终武器，所以她的任何要求都可以得到满足。友纪的父母愁眉苦脸地向部队的人抱怨家里的经济状况不好时，三位政府人员非常爽快地表示：只要rizel住进岩石家，所有的费用包括房屋按揭，水电费及日常杂费全部由政府负担……

　　原本还算有着可爱的脸蛋，可是不知为何总给人一种阴冷诡异不好接近的感觉。这便是刚刚升入高中不久的黑木智子（橘田いずみ 配音），她蓬头垢面，少言寡语，脸上是极度痴迷游戏后留下的黑眼圈。原本以为自己会成为乙女游戏中众星捧月的校花，谁知却注定要成为没有朋友、无人关注的丧女。更无法忍受的，是初中与之同类型的死党成濑优（花澤香菜 配音）都有了翻天覆地的变化。当然，拥有强大内心的智子绝不会因此自甘沉沦，她暗自嘲笑同学的肤浅与轻浮，在妄想世界里体会着前所未有的快乐。只不过依旧耐不住寂寞，这又化作了自卑、嫉妒和各种恶毒的心语。实在逼到极点，便朝向弟弟智贵（中村悠一 配音）。总之，她之所以变成这样，都怪这个世界和周围人而已……
　　本片根据谷川ニコ的同名漫画改编。

　　為迎接機動戰士鋼彈SEED十周年的2012年，官方於2011年8月26日啟動「HD Remaster Project（高畫質再製企劃）」，畫面尺寸比將從原先的4：3升級為16：9寬螢幕，線性PCM音源化，部分音樂採用混音版，局部畫面的替換和修正，各特效與背景的處理變更，並整合特別版三部作以及「DESTINY」的賽璐珞片，再編輯為全48話，收錄至Blu-ray共四卷BOX販售。相較於過去其他鋼彈作品的Remaster僅是單純的高畫質化，本作有著更全面的提升。「機動戰士鋼彈SEED HD」於2011年12月23日起在BandaiChannel針對日本國內進行限定放送，TV方面則於2012年1月1日起在日本BS11播映。gundam.info同時提供附有簡體中文(已不再提供)、繁體中文、英文和韓文字幕影片的網路配信。愛奇藝將本作命名為「機動戰士高達SEED HD Remaster」於2011年12月23日11時起播出。

　　目前，超级宅男土田直纯（日野聪 配音）在一所名叫花丸的幼稚园中担任老师的职务，在可爱的小朋友们的围绕下，每天都过着充满欢笑的生活。在个性单纯直率的杏（真堂圭 配音）的眼中，土田老师是世界上最最优秀的男人，她无视巨大的年龄差距，发誓漫长的余生，非他不嫁。在好友小梅（樱井真子 配音）和柊（高垣彩阳 配音）的帮助下，杏锲而不舍的一次又一次向土田老师发动着恋爱进攻。
　　可是，土田早就有了心上人——隔壁班的老师山本菜菜子（叶月絵理乃 配音）。不过，个性有些迟钝和天然呆的山本似乎对土田的心意没有半分察觉。在花丸幼稚园里，一出出轻松愉快的恋爱喜剧每一天都在上演着。

　　表面上过着平凡高中生活的红真九郎，实际上是经营着所谓的麻烦事务处理所的麻烦解决人。一日，同样负责解决事务的柔泽红香小姐，收到了保护神秘少女九凤院紫的任务。本不想接受任务的红香，在少女的表情之下动容，要求真九郎负责这一任务。第二天，住在真九郎寓所的紫感到不安，而真九郎不顾其感受去学校上学。结果，当他从学校回到家中，紫已经不知去向。
　　委托人真九郎能否完成任务？紫的真实身份又是什么？根据小说《红》改编的动画，将会对迷题一一解答。

　　美术大学五人组的故事仍在继续。竹本（神谷浩史 配音）结束了寻找自我的单车之旅，在盛放烟火的晚上对阿久（工藤晴香 配音）说出了那句“我喜欢你。”山田（高桥美佳子 配音）依旧陷在单恋真山（杉田智和 配音）的泥沼中，野宫（滨田贤二 配音）的出现成了泥沼里一株逃脱的稻草；真山则继续追寻着理花（大原沙耶香 配音），胜利的曙光在不远处；森田（上田佑司 配音）和阿久，两个天才的兮兮相惜，能否换来最后的相守。
　　时间在四季轮回中流逝，微小的变化一点点积攒成为不可忽视的转折点。五人都面临着新的人生，各奔东西。已逝去的奇迹般的岁月，并不会消失，而成为永久的回忆，在内心转动。改编自同名漫画的《蜂蜜与四叶草》故事也走向终点，但对于他们，这则是新的起点。

　　美术大学学生竹本和学长真山以及多次留级的森田一起生活在单身公寓里，大家的生活风清云淡却也乐趣无穷。
　　他们的老师花本先生向三人介绍了自己表兄的女儿，阿久。外表幼小的阿久有着惊人的艺术表现力，竹本和森田都不觉得对她一见钟情。难以言表的爱情、友情在三人之间渐渐弥漫。
　　另一方面，真山爱上了花本老师的朋友理花小姐，而理花却深陷对逝世丈夫的怀念，难以自拔。和真山青梅竹马的山田，在坚强爽朗的个性下却常常因为对真山的单恋而独自落泪。
　　那个夏季，空气里弥漫着甜蜜也氤氲着苦涩，四叶草在风中摇曳，等待幸福的孩子们采摘。

　　C.E.70年2月，地球联合军与ZAFT之间的武装冲突由于“染血的情人节”悲剧而全面升级为地球圈规模的战争。C.E.71年6月，在“非我即敌”的观念驱使下，地球联合军悍然发动了对中立国家奥布联合酋长国的侵略。当战斗进行到最激烈的时候，少年真飞鸟失去了父母和妹妹。唯一的遗物就只有妹妹掉落的手机。获救之后，背负着家仇的真黯然离开了故土奥布前往PLANT。两年后，他成为了ZAFT的战士......

　　本片在一集动画内分别讲述两个平行的故事:外道乙女队VS爱与正义组合.
　　外道乙女队----父母早亡的北华家五姐妹一直相依为命过着贫穷的生活,但是坚强乐观的她们坚持实现父亲的遗愿:成为"了不起的坏人".其实北华家代代都隶属于邪恶的组织,从事着战斗员的职务.临死前,五个人的父亲留下遗言:"成为爸爸和妈妈没能成为的怪人吧......你们一定要实现完美的罪恶啊."这段遗言深深的烙在五姐妹心中.可是,眼下一个重大的问题摆在五个人的面前,她们不知道如何才能实现完美的罪恶.有一天,北华五姐妹无意间发现并打开了父亲的遗物,一个贴着"在最小的女儿诗乃年满18岁之前绝对不能打开"纸条的壶,于是发生了了不得的大事--恶魔之子出现了......
　　爱与正义的组合----良澄爱美,佐嶋薰子两位女孩是以搞笑为职业的相声演员,她们的目标就是成为全国闻名的明星.但事与愿违，她们的笑话似乎一点也不好笑,无法博得观众的笑声,所以自以为很搞笑的二人每每面对台下的鸦雀无声时显得很尴尬.她们另外一个身份就是LOVE pheromone组合,自称为消除罪恶而英勇战斗的正义使者.不过二人似乎做得过火了点,以至凡她们所经之处所受到的破坏比原来的还要严重得多.