城市里连续发生着不可思议的奇怪事件，还有为解决事件聚集起来的拥有特殊力量的少女：修道院里的十四岁孤儿----叶山小十乃、身为偶像的----白藤菜月以及与前世的噩梦战斗的谜之少女----圣三咲。 想要审判污秽现有世界的人，想要保护现有世界的人，谁代表正义？谁又代表邪恶？ 失去记忆的少年出现了，命运的齿轮分明已经开始转动，新生？毁灭？还是……不可知的未来？
被杀了。果然又被杀了。 追月朔也是一位半吊子的高中生侦探，有一个被称为“传说中的名侦探”的父亲。 今天本应也该接受委托，然后兴致勃勃地去做一些找猫、或是调查外遇之类的平凡的工作，不知为何他却被杀人事件卷入。 而且“被害者”居然是自己！？ 多亏特殊体质每次都能重生的朔也，用膝枕迎接他的则是优秀的助手莉莉提亚。 「您又被杀了呢，侦探大人。」 「......似乎是呢。」 作为侦探，以及作为受害者，朔也如字面意思，搏命解决了无数的疑难案件。
濑尾卓也是个不起眼的平凡高一生，但他有个不可告人的小秘密：他是一部适合小女孩观赏的动画「闪亮萌宠」的狂热粉丝。有一天他带着参加抽奖幸运抽中的闪萌橡皮擦到学校，坐在他前面的辣妹．伊地知琴子突然说要借橡皮擦，便顺手抽走他手中的闪萌橡皮擦。想不到另一个走酷帅路线的辣妹．天音庆居然一眼就看出那是闪萌周边，令濑尾忍不住大吃一惊……
在与暗之科学王国的战斗之后，千空一行人以让史丹利等人占领珀耳修斯号为代价，成功捕获了杰诺。为了躲避猛烈追击，千空一行人以石化光线发源地南美为目标启程！ 千空与杰诺决定短暂联手，结合彼此的知识，共同逼近那令人憎恶的「光」的真相！ 为了拯救人类的未来，千空将与伙伴们携手，全力开拓属于他们的「科学之道」！！
