四个情同手足的乌龟少年一直生活在隐秘的下水道中，在师父（成龙 配音）的训练下，他们成为了功夫高超的“忍者神龟”，渴望被人类接纳的四小只，在人类朋友艾普的帮助下，开始追踪一个神秘的犯罪集团，但随着一支强大变种生物军队的降临，同样属于变种生物的忍者神龟们知道，这下大麻烦来了……
赏金猎猪，一只被人类雇佣去抓捕那些逃亡动物的猪。在追捕一只从一个邪恶马戏团逃亡的大象过程中，但却陷入了一场两只动物的全球冒险之中，这也在慢慢改变他的一些观念。
